整個空間中最醒目的元素就是由彩繪玻璃裝飾的空間和玻璃窗格。綠色、藍色、橙色和紅色的方形玻璃拼成的隔板，插入人字形衡量之間，以及樓梯空間的兩側，表現(xiàn)出現(xiàn)有木質結構的幾何形狀，同時彩色玻璃窗格也暗示著這里過去作為一座教堂的歷史。
近些年來，許多教堂在翻修時將恢復彩繪玻璃窗戶作為了其中的一個重要部分。對于教友來說，這是增強自身信仰熱忱的一種方式，而對于外教人來說，這是心目中教堂不可或缺的一個部分。這些玻璃的制作工廠來自于四面八方，既有上海教區(qū)自己的工場、也有上海和外省的一些玻璃工廠，甚至不乏從國外進口的作品。
而教堂的彩色玻璃，不僅給教堂內帶來了光明，也給教堂籠罩上一種神秘的氛圍。彩色玻璃上都是一些宗教故事，是為了當年一些不識字的信徒更直觀地了解宗教而制作的。